ورینومپرایمر تأیید سانگر
هر طراحی برای واریانتی که آزمایشگاه از پیش می‌شناسد پرایمر PCR می‌سازد تا همان تغییر با سانگر خوانده شود. مرجع GRCh38 است. خروجی یک فهرست کوتاه است، نه یک آزمایش اعتبارسنجی‌شده.
یک برگهٔ قابل‌سفارش
VWF NM_000552.5:c.2561G>A دو ردیف از یک طراحی تمام‌شده برای این واریانت عمومی. طراحی بعدی می‌تواند جفت‌های دیگری برگرداند. هر دو ردیف همچنان فقط در رایانه هستند.
- GRCh38
- NCBI Primer-BLAST
- محصول 175–925 bp
- موج اول ۵۸، ۵۹، ۶۰، ۶۱، ۶۲ °C
- GC پرایمر 45–55٪، سپس بازتر فقط اگر جفت کم باشد
- gnomAD v4 و Iranome
| وضعیت | Forward | GC% | Reverse | GC% | Amplicon GC% | bp | Ta °C |
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| PASS | TGAAGGACTGGGAAGTACTC | 50.0 | ATTAGCCTCAGGCTTTCAAC | 45.0 | 55.96 | 688 | 56.8 |
| WARN strong dimer ΔG away from the 3′ end | AACAAGCTTCTGTCTCGTTT | 40.0 | CTTTCCCACTGTTCTGTCTT | 45.0 | 54.60 | 815 | 56.3 |
- PASSپرچم هشدار ندارد. همچنان فقط در رایانه است.
- WARNقابل سفارش می‌ماند و دلیلش در پرچم‌ها می‌ماند.
- FAILروی برگهٔ سفارش نیست.
هر طراحی چه می‌کند
- واریانت را می‌خواندتغییر کدکننده یا غیرکدکننده را می‌نویسید (c. یا n.)، با شماره NM_ یا NR_، یا فقط با نام ژن. خطِ فقط ژن روی رونوشت MANE Select می‌رود. اگر خودتان شماره رونوشت را بنویسید، همان شماره می‌ماند. خط ژنومی، مانند chr17:43044295G>A، ژنومی می‌ماند. فایل متنی، صفحهٔ گسترده، PDF، یا عکس گزارش هم پذیرفته می‌شود. چند فایل در یک بارگذاری می‌آید و هر واریانت یک طراحی جدا است.
- پرایمر را طراحی می‌کندNCBI Primer-BLAST یک جفت را در دو سوی تغییر می‌گذارد، دور از بازهای عوض‌شده، روی آمپلیکونی که واریانت را در بر می‌گیرد. جستجوهای اول ۵۸، ۵۹، ۶۰، ۶۱ و ۶۲ درجه است، اگر داخل پنجره‌ای که شما گذاشته‌اید باشند، و با GC پرایمر ۴۵ تا ۵۵ درصد. اگر جفت کم باشد، نقطه‌های نیم‌درجه‌ای و بعد نقطه‌های بازتر اجرا می‌شوند و در حد همان فرم می‌ایستند. اگر آن دورها هنوز کمتر از ۵ جفت PASS با نمرهٔ بالاتر از ۰٫۸ برگردانند، یک دور دیگر با شرایط آسان‌تر از این پیش‌فرض انجام می‌شود.
- هر جفت را بررسی می‌کندمحصول ناخواسته مثل یک PCR نمره می‌گیرد و بار دیگر با PCR مجازی روی hg38 سنجیده می‌شود. واریانت شایع زیر الیگو از gnomAD و Iranome خوانده می‌شود. هموپلیمر، فاصلهٔ خوانش سانگر، GC هر پرایمر، GC آمپلیکون، و پایداری سنجاق‌مو و دایمر روی همان ردیف ثبت می‌شود.
- فهرست سفارش را برمی‌گرداندبرگهٔ قابل‌سفارش اول PASS را می‌آورد و بعد WARN را. FAIL روی آن برگه نیست. WARN همچنان قابل سفارش است و دلیلش در پرچم‌ها می‌ماند. هر ردیف توالی هر دو پرایمر، GC٪ هر کدام، GC٪ آمپلیکون، و دمای اتصال پیشنهادی را دارد. جفت‌های فهرست کوتاه را می‌توان به PDF ذخیره کرد. آزمایشگاه هنوز جفت را روی DNA شاهد اجرا می‌کند.